مشتبهات القرآن ذكر بروكلمان ( 2 / 199 ) : أنه يوجد ثلاث مخطوطات لهذا الكتاب ، هي : الأولى : في باريس ( أول 665 ) رقم 4 ، بعنوان : « المشتبه في القرآن » . الثانية : في الكتبخانه العمومية باستانبول ( 436 ) بعنوان : « مشتبهات القرآن » ، ومنها نسخة مصورة بمعهد المخطوطات العربية بالقاهرة ، تحت رقم 240 / تفسير ، وعدد لوحاتها ( 80 ) ثمانون ، وتشتمل اللوحة على صفحتين ، كل صفحة ( 11 ) إحدى عشر سطرا ، وهي أدق وأكمل النسخ التي وقعت بين أيدينا ، كتبت بخط نسخ جيد ، وعليها اعتمد التحقيق ، وبدأها المصنف مباشرة بقوله : باب الواحد من سورة البقرة ، وآخرها : وَلَمَّا فَصَلَتِ الْعِيرُ تمّ كتاب المتشابه ، وتوجد بها العلامة التي تفيد أنها مقروءة ومراجعة . ثم ألحق به أبوابا ، أغلب الظنّ أنها من إضافة الناسخ ؛ وذلك لأن هذه الأبواب الملحقة تختلف تماما من نسخة إلى أخرى . الثالثة : في مكتبة قولة ، بدار الكتب المصرية ( 1 / 28 ) رقم ( 15 ) قراءات ، بعنوان : « ما تشابه من ألفاظ القرآن ، وتناظر من كلمات الفرقان » . وهي رقم ( 2 ) في المجموعة .